Merge statsmodels (0.11.1-2) import into refs/heads/workingbranch

Remove code from Stack Overflow and wasteful loop

Stack Overflow content is CC-BY-SA licensed,
which this package is not supposed to be.  This snippet may be
too small to be copyrightable, but removing it to be safe.

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name remove_ccbysa_snippet.patch

Allow tests to fail if multiprocessing is not available

This is currently the case on hurd-i386

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name xfail_no_multiprocessing.patch

DynamicFactor test fail on ppc64el

Warn on use and xfail test

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name xfail_dynamicfactor_ppc64el.patch

Markov* broken on armhf

Warn on use, and xfail tests

I suspect https://github.com/statsmodels/statsmodels/pull/5826
but that improved it enough on amd64 that
reverting it isn't a good solution.

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name xfail_regimeswitching_armhf.patch

Don't require warnings that not all arches produce

numpy 0/0 (in tvalues): armel doesn't
scipy.stats NaN: Upstream already note i386 doesn't,
we find ppc64el and s390x don't either

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/956882
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name dont_require_warnings.patch

Fix typos

Origin: lintian
Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name spelling.patch

Use local requirejs

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name sphinx_local_requirejs.patch

Avoid NaN crash in test_structural

Out-of-range frequency.cycle starting values make untransform_params return NaN,
which crashes summary()

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name fix_test_bounds.patch

Don't fail documentation build on examples exceptions

If example code outputs an error when run,
ipython (ipython:: blocks) now fails the whole build by default,
and tools/nbgenerate.py (.ipynb files) now leaves out that file
(leaving a broken link in the examples index).

As some examples use downloaded data and are hence expected to be
unrunnable on a Debian buildd, this instead keeps them
(::ipython with error output, .ipynb without output).

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name sphinx_ignore_errors.patch

Don't try to use a theme we don't have

Upstream switched to sphinx_material in
1d7aafad5c3ad634c9ae2122881c1809c2ccbcbe
and Debian doesn't have that theme.

(I haven't investigated packaging it, which might be a better long-term option.)

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: not-needed (except maybe the version fix? or is that no longer needed at all?)

Gbp-Pq: Name no_sphinx_material.patch

Include offset and exposure in GEEResults.fittedvalues

and remove misleading documentation from GLMResults.fittedvalues

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Bug: https://github.com/statsmodels/statsmodels/issues/5253
Forwarded: https://github.com/statsmodels/statsmodels/issues/5253#issuecomment-578980169

Gbp-Pq: Name up5253_gee_offset.patch

Make the module reference tables appear

Our numpydoc is old enough to still need this manually set

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Bug: https://github.com/numpy/numpydoc/issues/141
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name sphinx_autosummary.patch

Xfail or loosen tolerances on flaky tests

The test_nondiagonal_obs_cov one hasn't yet been seen in Debian
but is known in upstream CI:
https://github.com/statsmodels/statsmodels/pull/6475#issuecomment-581151072

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>, Graham Inggs
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/944054
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name 944054_flaky_tests.patch

Don't try to write to the source directory

Not allowed in autopkgtest

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name use_tmp_path.patch

Use Python 3 in script shebangs

(Skipping the two .pyx files with #!python - they need to be compiled
with Cython, not directly run with any version of plain Python)

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name python3_shebangs.patch

Loosen tolerances on some tests on i386

Failure log
https://buildd.debian.org/status/fetch.php?pkg=statsmodels&arch=i386&ver=0.9.0-3&stamp=1567157609&raw=0

As it only fails on i386 (not x32) and isn't far over tolerance,
I suspect different rounding due to x87 excess precision

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/938949
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name i386_loosen_test_tolerances.patch

Use example data from an R package we have

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name use_available_data.patch

KalmanFilter broken on armhf / hppa

Warn on use, and xfail the tests

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/924036
Bug-Ubuntu: https://launchpad.net/bugs/1819227
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name xfail_kalman_armhf.patch

Use intersphinx inventory files from other Debian packages.

Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name use-system-inventory

to prevent failed test on i386

Author: Yaroslav Halchenko <debian@onerussian.com>
Bug: https://github.com/statsmodels/statsmodels/issues/1831
Forwarded: upstream consider this probably fixed

Gbp-Pq: Name up_reduce_test_precision

Use cached datasets in tests and examples

Also remove a download that isn't actually used in that example.

This allows the tests to pass, and at least some of the examples to
be built, in an offline environment such as a Debian buildd.

The cached data is extracted from R packages by debian/datasets/*.

Author: Diane Trout <diane@ghic.org>, Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name use-cached-datasets

statsmodels (0.11.1-2) unstable; urgency=medium

  * Tests: don't require a numpy warning that doesn't exist on armel.
Closes: #956882.
  * Tests: allow no-multiprocessing failures (hurd-i386).
  * Remove inconveniently licensed (CC-BY-SA) snippet.

[dgit import unpatched statsmodels 0.11.1-2]

Import statsmodels_0.11.1-2.debian.tar.xz

[dgit import tarball statsmodels 0.11.1-2 statsmodels_0.11.1-2.debian.tar.xz]

Import statsmodels_0.11.1.orig.tar.gz

[dgit import orig statsmodels_0.11.1.orig.tar.gz]

Merge statsmodels (0.10.2-2) import into refs/heads/workingbranch

Include offset and exposure in GEEResults.fittedvalues

and remove misleading documentation from GLMResults.fittedvalues

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Bug: https://github.com/statsmodels/statsmodels/issues/5253
Forwarded: https://github.com/statsmodels/statsmodels/issues/5253#issuecomment-578980169

Gbp-Pq: Name up5253_gee_offset.patch

Don't fail documentation build on examples exceptions

ipython now fails the whole build by default if anything outputs an error,
which some of ours do when they can't download data.

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name sphinx_ignore_errors.patch

Make the module reference tables appear

Our numpydoc is old enough to still need this manually set

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Bug: https://github.com/numpy/numpydoc/issues/141
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name sphinx_autosummary.patch

Xfail or loosen tolerances on flaky tests

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>, Graham Inggs
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/944054
Forwarded: partially https://github.com/statsmodels/statsmodels/pull/6222

Gbp-Pq: Name 944054_flaky_tests.patch

Use same Python version for subprocess test

Avoids a fail due to mismatched extension .so version
when multiple Python 3 versions are available

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name subprocess_use_same_pyver.patch

Don't try to write to the source directory

Not allowed in autopkgtest

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name use_tmp_path.patch

Use Python 3 in script shebangs

(Skipping the two .pyx files with #!python - they need to be compiled
with Cython, not directly run with any version of plain Python)

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name python3_shebangs.patch

Use scipy.special not scipy.misc

factorial, comb and logsumexp have been moved: trying to import them
from the old location is an error in scipy 1.3+.
https://ci.debian.net/data/autopkgtest/unstable/amd64/s/statsmodels/2949940/log.gz

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: accepted https://github.com/statsmodels/statsmodels/pull/6164

Gbp-Pq: Name scipy13_compat.patch

Loosen tolerances on some tests on i386

Failure log
https://buildd.debian.org/status/fetch.php?pkg=statsmodels&arch=i386&ver=0.9.0-3&stamp=1567157609&raw=0

As it only fails on i386 (not x32) and isn't far over tolerance,
I suspect different rounding due to x87 excess precision

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/938949
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name i386_loosen_test_tolerances.patch

Warn that load_pickle() etc are for trusted data only

https://docs.python.org/3/library/pickle.html#restricting-globals

Author: Rebecca N. Palmer
Forwarded: https://github.com/statsmodels/statsmodels/pull/6162

Gbp-Pq: Name cache_security.patch

Use example data from an R package we have

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name use_available_data.patch

KalmanFilter broken on armhf / hppa

Warn on use, and xfail the tests

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/924036
Bug-Ubuntu: https://launchpad.net/bugs/1819227
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name xfail_kalman_armhf.patch

Give a more useful error if cvxopt is not found

message wasn't actually passed to anything, so it previously failed at
statsmodels/base/optimizer.py:13 (_check_method) with
"Unknown fit method l1_cvxopt_cp"

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: accepted https://github.com/statsmodels/statsmodels/pull/6163

Gbp-Pq: Name show_cvxopt_error.patch

Change some more links to https

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: https://github.com/statsmodels/statsmodels/pull/5937

Gbp-Pq: Name link_security2.patch

Don't fetch Twitter logo

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name privacy.patch

Use intersphinx inventory files from other Debian packages.

Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name use-system-inventory

to prevent failed test on i386

Author: Yaroslav Halchenko <debian@onerussian.com>
Bug: https://github.com/statsmodels/statsmodels/issues/1831
Forwarded: upstream consider this probably fixed

Gbp-Pq: Name up_reduce_test_precision

Use cached datasets for building documentation/examples

Also remove a download that isn't actually used in that example.

This allows at least some of the examples to be built in an
offline environment such as a Debian buildd.

The cached data is extracted from R packages by debian/datasets/*.

Author: Diane Trout <diane@ghic.org>, Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name use-cached-datasets

statsmodels (0.10.2-2) unstable; urgency=medium

  * Docs: don't fail the build on no-network exceptions.  Closes: #950087.
  * Remove #945501 cleanup code: not worth the risk in (future) stable.
  * Bump Standards-Version to 4.5.0 (no changes needed).
  * Include offset and exposure in GEE fittedvalues (upstream bug 5253).

[dgit import unpatched statsmodels 0.10.2-2]

Import statsmodels_0.10.2-2.debian.tar.xz

[dgit import tarball statsmodels 0.10.2-2 statsmodels_0.10.2-2.debian.tar.xz]

Import statsmodels_0.10.2.orig.tar.gz

[dgit import orig statsmodels_0.10.2.orig.tar.gz]

Merge statsmodels (0.8.0-9) import into refs/heads/workingbranch

Fix indexing errors in KaplanMeier

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/860449
Forwarded: not-needed (affected code no longer in upstream)

Gbp-Pq: Name kaplan_meier_860449.patch

Stop using no-longer-existing pd.ols

Fixes
module 'pandas' has no attribute 'ols'
e.g. in the vector_ar documentation examples.

Origin: upstream https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/4d76116c9c3f47c629503837b3db91bec4d22a5a
Author: Kevin "bashtage" Sheppard
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name vector_ar_window_ols.patch

Fix errors in examples

Be compatible with current pandas
https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/66a4f98d0ac86ea957fa6f8168cc2df178c64630
https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/67415ad8d4c04dc1dd9ea9ebb1e059af92646c7b
https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/572d507dfa28044166cf4f183177a046f90934ae

and with one dataset layout change within statsmodels, based on
https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/31ec838d1eab2ec559ab69d42151085bdf9f18e1

Look in the correct path for star_diagram.png
(using this fix instead of
https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/3363ce1dc41b1717db5b6779a2a9cbf8f72a0294
to be minimally risky during freeze)

Author: Kevin "bashtage" Sheppard, Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Origin: upstream (mostly)
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name examples_fixes.patch

Don't use np.genfromtxt on non-ASCII data

Fixes UnicodeDecodeError on file e6.dat

Author: Peter "thequackdaddy" Quackenbush, Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Origin: upstream
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name lutkepohl_data_load.patch

Create a normal array, not an array of 1x1 arrays

Fixes "object arrays are not supported".

Author: Kevin "bashtage" Sheppard
Origin: upstream https://github.com/statsmodels/statsmodels/pull/4911/commits/18dcceefbfed61b0d11ae5884a9f4cea82c2edb5
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name unconstrain_stationary_multivariate.patch

Make tests compatible with current numpy/scipy/pandas

These issues are all within test code, i.e. should not affect users.

https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/bb8fba9d4d9883be2991b43b29bfa3a9c3fb325a
https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/310f91da9f07d9483965d624d76dbb7abebbd67f
https://github.com/statsmodels/statsmodels/pull/4911/commits/18dcceefbfed61b0d11ae5884a9f4cea82c2edb5
https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/f1d5eddd44d61099a9f8f90c40c35716a8346cf7

and one new fix only needed on 32 bit Python 2 (integer data loads as
int64, which gets converted to long producing factor names like
C(agecat)[T.4L], which does not match C(agecat)[T.4])

Author: Kevin "bashtage" Sheppard, Peter "thequackdaddy" Quackenbush, Matthew Brett, Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Origin: upstream (mostly)
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name test_fixes.patch

Allow loading the CO2 dataset in pandas >= 0.23

Fixes __new__() got an unexpected keyword argument 'format'

Author: Matthew Brett
Origin: upstream https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/bd2985d781484c2a2ce47a3db107690bbe688acd
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name co2_dataset_load.patch

Don't use gammaln on complex input

In scipy >= 1.0, it rejects such input with
TypeError: ufunc 'gammaln' not supported for the input types, and the
inputs could not be safely coerced to any supported types according
to the casting rule ''safe''

Author: Kevin "bashtage" Sheppard, Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Origin: upstream https://github.com/statsmodels/statsmodels/pull/3964/commits/c11c6242ff81a0f83d3e7fd83a8105397d3cbc1d
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name gammaln_complex.patch

Fix shape mismatch errors in MICE imputation

numpy/pandas no longer allows assigning an nx1 2D value at a 1D index

Author: Peter "thequackdaddy" Quackenbush, Josef "josef-pkt" Perktold
Origin: upstream https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/df92bde1a85c238db9561304a196dbc618cfeaa1 https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/0871eba510e7ebe8aa9323f4f3ee50226576ed29
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name imputation_broadcasting.patch

Stop using no-longer-existing chisqprob

Needed for compatibility with scipy >= 1.0

Author: Kevin "bashtage" Sheppard
Origin: upstream https://github.com/statsmodels/statsmodels/commit/575fc69257171e1dbc86461b510eb818a63c5fab
Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name chisqprob.patch

Make the datasets cache work in Python 3

Fixes URLError messages appearing in the built documentation

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: not-needed (upstream fixed this in _cache_it instead)

Gbp-Pq: Name python3_dataset_caching.patch

Don't fetch Twitter logo

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: no

Gbp-Pq: Name privacy.patch

Fix spelling

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Origin: lintian (partly)
Forwarded: https://github.com/statsmodels/statsmodels/pull/5513

Gbp-Pq: Name spelling.patch

Use mathjax instead of no-longer-existing pngmath

Either imgmath or mathjax fixes the FTBFS;
mathjax also makes TeX display as equations, i.e. fixes #687301

Author: Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>
Forwarded: not-needed (mathjax is already the upstream default)

Gbp-Pq: Name no-sphinx-pngmath.patch

Do not try to access remote locations on buildtime test

Bug-Debian: https://bugs.debian.org/882641

Gbp-Pq: Name prevent_online_access_in_buildtime_tests.patch

Use intersphinx inventory files from other Debian packages.

Forwarded: not-needed

Gbp-Pq: Name use-system-inventory

Use Python3 to create documentation

Bug: https://github.com/statsmodels/statsmodels/pull/5348

Gbp-Pq: Name use-python3-for-doc-build

fix_numpydoc_issue

Author; Denis Laxalde <denis@laxalde.org>
Last-Update: Thu, 17 Aug 2017 22:06:46 +0200
Description:  Fix numpy doc input

Gbp-Pq: Name fix_numpydoc_issue.patch

Seems the tests are failing due to some problem in pandas

Last-Update: Thu, 17 Aug 2017 12:47:48 +0200
Bug-Debian: https://bugs.debian.org/868977

which we can not fix here.  Ignore the issue for the moment to be able
to drop severity of bug #868977 from serious to important

Gbp-Pq: Name skip_tests_failing_due_to_panda_issue.patch

deb_skip_test_ons390

Gbp-Pq: Name deb_skip_test_ons390

to prevent failed test on i386

Bug: https://github.com/statsmodels/statsmodels/issues/1831
Last-Update: 2014-07-16

Gbp-Pq: Name up_reduce_test_precision

Use Debian packaged IPhythonSphinx extensions

Last-Update: Wed, 13 Feb 2019 08:43:05 +0100

Also drop matplotlib.sphinxext.only_directives which fail with
python3-matplotlib and are not used

Gbp-Pq: Name deb_use_internal_ipythonsphinx_extensions

Use cached datasets for building documentation/examples

Also remove a download that isn't actually used in that example.

This allows at least some of the examples to be built in an
offline environment such as a Debian buildd.

See debian/README.source for more information about the cached datasets.

Author: Diane Trout <diane@ghic.org>, Rebecca N. Palmer <rebecca_palmer@zoho.com>

Gbp-Pq: Name use-cached-datasets

statsmodels (0.8.0-9) unstable; urgency=medium

  * Team upload.
  * Disable KalmanFilter on armhf, as it gives wrong results
    (and probably always has).

[dgit import unpatched statsmodels 0.8.0-9]

Import statsmodels_0.8.0-9.debian.tar.xz

[dgit import tarball statsmodels 0.8.0-9 statsmodels_0.8.0-9.debian.tar.xz]

Import statsmodels_0.8.0.orig.tar.gz

[dgit import orig statsmodels_0.8.0.orig.tar.gz]

[PATCH] MAINT: test_anova.py fails on pandas 0.19.0 because stringio closes after read_table. Make read_table global to fix.

Gbp-Pq: Name workaround_panda_readtable_bug.patch

fix_wrong_index_type

Descrption: Fix index type in `reshape` to be integer.

This will avoid FTBFS with numpy >= 1.12 beta

Gbp-Pq: Name fix_wrong_index_type.patch

[PATCH] Simplified commit

Gbp-Pq: Name up_3239.patch

deb_no_nbformat_for_now

Gbp-Pq: Name deb_no_nbformat_for_now

deb_skip_test_ons390

Gbp-Pq: Name deb_skip_test_ons390

to prevent failed test on i386

Bug: https://github.com/statsmodels/statsmodels/issues/1831
Last-Update: 2014-07-16

Gbp-Pq: Name up_reduce_test_precision

deb_use_internal_ipythonsphinx_extensions

Gbp-Pq: Name deb_use_internal_ipythonsphinx_extensions

statsmodels (0.8.0~rc1+git59-gef47cd9-5) unstable; urgency=medium

  * Team upload.
  * Fix test skipping for s390

[dgit import unpatched statsmodels 0.8.0~rc1+git59-gef47cd9-5]

Import statsmodels_0.8.0~rc1+git59-gef47cd9-5.debian.tar.xz

[dgit import tarball statsmodels 0.8.0~rc1+git59-gef47cd9-5 statsmodels_0.8.0~rc1+git59-gef47cd9-5.debian.tar.xz]

Import statsmodels_0.8.0~rc1+git59-gef47cd9.orig.tar.gz

[dgit import orig statsmodels_0.8.0~rc1+git59-gef47cd9.orig.tar.gz]